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本學院成立於2001年8月，其中由牙醫學系、口腔衛生學系、口腔復健醫學研究所、口腔科學研究所、生物醫學材料研究所等二系三所組成。
本學院提供一個架構完整的口腔醫學教育體制，由大學部的牙醫學系與口腔衛生學系教育到碩士班的口腔醫學專業分工，及口腔基礎醫學知識之授與，繼而在博士班課程中培育出口腔醫學研究者與相關領域學者間之溝通，以達到全面提升口腔醫學教育之目的。
為培育術德兼備的專業口腔醫學人才，本學院除重視學生人格修養及醫學倫理道德規範為，並教授人文社會科學之知識與技能。在專業課程上，兼顧倫理論知識、臨床醫療技能，以及研究能力三者的培養，除教導學生應用人性化、科學化、以及專業知識來治療病人外，更期望能積累舊有的知識經驗開創口腔醫學新知，以提升口腔醫學醫療品質及研發水平。
本學院位「口腔醫學大樓」，師生均有充分的學習研究空間，另，本校兩附屬醫院均設有牙科部，與本學院所有老師共同肩負學生之臨床學習的任務。
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