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創校初期，胡水旺創辦人和徐千田院長邀請藍蔭鼎先生為北醫設計有特色的校徽。藍蔭鼎先生闡釋校徽含義：
- 十字是表現博愛、仁術、醫療之意
- 北字是指臺北（臺北醫學院）之意
- 十字在上面、北字在下面，代表著扶起培養醫學人才，發展進步之意
於是北醫校徽在1961年設計完成，正式代表了北醫的精神象徵
50週年校慶，重新設計學校logo，將校徽置於古典學術風格的盾牌造型內，象徵臺北醫學大學奠基於學術、教育的初衷。 兩側環繞向上的稻穗，象徵臺北醫學大學致力於教育、醫療、社區及國際化四大理念，皆能蓬勃發展、欣欣向榮。
臺北醫學大學期望建立屬於北醫核心精神的徽章標誌，以視覺化、系統化的傳播學校特質，塑造本校統一的形象。於2014年起統籌規劃校徽樣式調整，2015年8月正式啟用，其目的並不僅限於標誌美感的問題，而是透過校徽及Logo的調整，以更符合數位化時代的視覺效果。不但繼承了傳統的設計理念，且以更簡潔、具辨識度的形態，便於呈現在各種數位媒體及智慧型裝置之上。而更重要的是，透過識別系統的重整，能讓我們能更清楚地表達北醫的精神、理念與辦學的堅持。
