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本校創立於1960年，以培育「具人文關懷、創新能力及國際觀的醫療生技人才」，秉持「人文關懷、誠信正直、創新卓越、團隊合作、社會服務」之核心價值，以「醫學教育為本，生醫臨床為用，具社會影響力之創新型大學」為定位，邁向「具高品質的國際一流醫學大學」為目標。
本校年度事蹟
1960年6月1日，在胡水旺、徐千田兩位醫學博士與醫學教育人士的奔走下，創辦了臺北醫學院(現臺北醫學大學)。從三間鋁皮屋開始，小自玻璃管，大至土地、房舍，皆為私人捐助。當年從醫、牙、藥三個學系開始，到今天的11個學院；從250名新生，到現在5萬多名遍佈海內外各界的菁英。走過篳路藍縷的半世紀，歷經了18屆董事會、10任董事長、11任校長。他們胼手胝足地傳承了本校「誠樸」精神，引領北醫大成就各項非凡的成績。
◎ 1960年 臺北醫學院創立
◎ 1976年 附設醫院開幕
◎ 1997年 接辦萬芳醫院(OT)
◎ 2000年 升格臺北醫學大學，共「醫學院」、「口腔醫學院」、「藥學院」、「護理學院」、「公共衛生暨營養學院」五學院
◎ 2002年 萬芳醫院榮獲第12屆國家品質獎
◎ 2004年 萬芳醫院通過醫學中心
◎ 2008年 雙和醫院開幕(BOT)
◎ 2009年 三附屬醫院通過JCI國際醫院評鑑
◎ 2010年 臺北醫學大學榮獲第20屆國家品質獎
◎ 2011年 擴增「人文暨社會科學院」、「醫學科技學院」為七學院
◎ 2011年 臺北醫學大學附設醫院榮獲第21屆國家品質獎
◎ 2012年 雙和醫院榮獲第22屆國家品質獎
◎ 2013年 成立整合三院癌症醫療系統的「臺北癌症中心」
◎ 2015年 增加「醫學工程學院」、「管理學院」為九學院
◎ 2015年 接受委託運營管理「臺北醫學大學寧波醫療中心」
◎ 2016年 獲教育部通過增設「營養學院」，原公共衛生暨營養學院改名「公共衛生學院」，共十學院
◎ 2017年 臺北醫學大學大安校區揭牌啟用
◎ 2018年 獲教育部通過增設「跨領域學院」，共十一學院
◎ 2018年 臺北神經醫學中心正式揭牌
◎ 2019年 擘畫《北醫2030—未來十年願景發展白皮書》
◎ 2020年 臺北醫學大學新國民醫院開幕
◎ 2022年 蔡萬才癌症大樓及質子中心正式啟用
◎ 2022年 教育部核定雙和校區
◎ 2024年 接受委託經營管理「臺北市立行愛住宿長照機構」